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Assessment of EST-SSR markers for genetic analysis on coffee

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dc.contributor.author Missio, Robson Fernando
dc.contributor.author Caixeta, Eveline Teixeira
dc.contributor.author Zambolim, Eunize Maciel
dc.contributor.author Pena, Guilherme Ferreira
dc.contributor.author Ribeiro, Ana Paula
dc.contributor.author Zambolim, Laércio
dc.contributor.author Pereira, Antônio Alves
dc.contributor.author Sakiyama, Ney Sussumu
dc.date.accessioned 2018-07-17T11:37:11Z
dc.date.available 2018-07-17T11:37:11Z
dc.date.issued 2009-07
dc.identifier.citation MISSIO, R. F. et al. Assessment of EST-SSR markers for genetic analysis on coffee. Bragantia, Campinas, v. 68, n. 3, p. 573-581, Jul./Set. 2009. pt_BR
dc.identifier.issn 1678-4499
dc.identifier.uri http://dx.doi.org/10.1590/S0006-87052009000300003 pt_BR
dc.identifier.uri http://www.sbicafe.ufv.br/handle/123456789/10164
dc.description.abstract EST-SSR markers were used to investigate the genetic diversity among and within coffee populations, to explore the possibility of their use for fingerprinting of cultivars and to assist breeding programs. Seventeen markers, developed from ESTs (Expressed Sequence Tags) from the Brazilian Coffee Genome Project, were used. All markers showed polymorphism among the genotypes assessed. The average number of allele per primer was 5.1. The highest polymorphisms were found within C. canephora (88.2%) and rust-resistant varieties (35.3%). About 29.4% of the markers differentiated C. arabica from Híbrido de Timor; it was also possible to identify those closest and farthest from C. arabica . The analysis of population-grouped genotypes revealed a 64.0% genetic diversity among and a 36.0% genetic diversity within populations. The differentiation index was 0.637. Six markers distinguished four rust-resistance varieties, showing their fingerprinting potential. These results demonstrate the usefulness of EST-SSR markers for cross orientation, in diversity and introgression studies, and in genetic mapping. pt_BR
dc.description.abstract No estudo da diversidade genética entre e dentro de populações de café, foram usados marcadores EST-SSR, visando avaliar seu potencial para identificar cultivares comerciais e assistir programas de melhoramento. Os 17 marcadores utilizados foram desenvolvidos a partir das seqüências ESTs do Projeto Brasileiro do Genoma Café. Em todos os marcadores observou-se polimorfismo entre os genótipos avaliados, com um número médio de 5,1 alelos por primer. Os maiores polimorfismos foram constatados dentro de C. canephora (88,2%) e em variedades resistentes à ferrugem (35,3%). Dos marcadores analisados, 29,4% distinguiram C. arabica dos Híbridos de Timor (HDT), sendo possível identificar os mais próximos e os mais distantes de C. arabica . A análise dos genótipos agrupados por população revelou diversidade genética de 64% entre populações e 36% dentro delas, com um índice de diferenciação de 0,637. Em seis marcadores distinguiram-se quatro variedades resistentes à ferrugem, constando seu potencial para fingerprint. Esses resultados demonstram a utilidade dos EST-SSR para orientações dos cruzamentos e estudos de diversidade, introgressão e mapeamento genético. pt_BR
dc.format pdf pt_BR
dc.language.iso en pt_BR
dc.publisher Instituto Agronômico (IAC) pt_BR
dc.relation.ispartofseries Bragantia;v. 68, n. 3, p. 573-581, 2009
dc.rights Open Access pt_BR
dc.subject Marcadores de DNA pt_BR
dc.subject Coffea sp. pt_BR
dc.subject UPGMA pt_BR
dc.subject AMOVA pt_BR
dc.subject Marcadores microssatélites pt_BR
dc.subject.classification Cafeicultura::Genética e melhoramento pt_BR
dc.title Assessment of EST-SSR markers for genetic analysis on coffee pt_BR
dc.title Potencial de marcadores EST-SSR para análise genética em café pt_BR
dc.type Artigo pt_BR

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Bragantia_v. 68_n. 3_p. 573 - 581_2009.pdf 238.7Kb application/pdf View/Open ou Pre-visualizar

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