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Biblioteca do Café

Identificação de ESTS tecido-específicas no banco de dados do genoma funcional de Coffea spp.

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dc.contributor.author Santos, Daiene B. M. pt_BR
dc.contributor.author Almeida, Juliana Dantas de pt_BR
dc.contributor.author Barros, Leila M. G. pt_BR
dc.contributor.author Carneiro, Mauro pt_BR
dc.contributor.author Silva, Felipe R. da pt_BR
dc.contributor.other Embrapa - Café pt_BR
dc.date 2007-11-26 11:52:49.31 pt_BR
dc.date.accessioned 2015-01-14T13:47:46Z
dc.date.available 2015-01-14T13:47:46Z
dc.date.issued 2007 pt_BR
dc.identifier.citation Santos, Daiene B. M.; Almeida, Juliana D.; Barros, Leila M. G.; Carneiro, Mauro; Silva, Felipe R. da. Identificação de ESTS tecido-específicas no banco de dados do genoma funcional de Coffea spp. In: Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil (5. : Águas de Lindóia, SP : 2007). Anais. Brasília, D.F. : Embrapa - Café, 2007. (1 CD-ROM), 4p. pt_BR
dc.identifier.other 179995_Art074 pt_BR
dc.identifier.uri http://www.sbicafe.ufv.br/handle/123456789/2518
dc.description Trabalho apresentado no Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil (5. : 2007 : Águas de Lindóia, SP). Anais. Brasília, D.F. : Embrapa Café, 2007. pt_BR
dc.description.abstract O projeto Brasileiro Genoma Café foi elaborado e executado com o objetivo de fornecer informações sobre o genoma do cafeeiro aos pesquisadores que desenvolvem variedades melhoradas, em busca da produtividade e qualidade de grãos. Nesse projeto foram seqüenciados 218.150 clones distintos de ESTs (Expressed Sequenced Tags) escolhidos aleatoriamente em 49 bibliotecas de cDNA de C. arabica, C. canephora e C. racemosa, as quais representam diferentes tecidos em estágios específicos de desenvolvimento e tecidos submetidos a estresses biótico e abiótico. Após a remoção de contaminações e seqüências de baixa qualidade, as 154.770 ESTs restantes foram agrupadas em 45.366 clusters (UniGenes), dos quais cerca de 27% não apresentam similaridade significativa com seqüências protéicas já descritas. A fim de selecionar genes preferencialmente expressos na raiz, no fruto, na folha e no botão floral, realizamos uma análise in silico, visando a prospecção dos seus respectivos promotores em um próximo passo. Para tal, foram feitas comparações por meio do Teste Exato de Fisher, entre grupos formados por bibliotecas de ESTs obtidas a partir de um único tipo de tecido e grupos formados pelas bibliotecas restantes, tendo-se como resultado a seleção de UniGenes que possuem grande chance de serem tecido-específicos. Dessa forma, foram selecionados 103 UniGenes que apresentam níveis significativamente distintos de transcritos oriundos de cada um dos tecidos, sendo 18 de folhas, 40 de frutos, 14 de raiz e 31 de botões florais. Dentre os Unigenes selecionados, foram escolhidos três de cada um dos tecidos e um constitutivo para as validações experimentais. O critério de escolha desses Unigenes se baseou no grau de ineditismo, na especificidade dos unigenes e no nível de expressão. Para confirmar o caráter de tecido especificidade dos genes escolhidos, serão realizadas análises de Real Time RT-PCR e Northern blot. pt_BR
dc.description.abstract The Brazilian Coffee Genome Project generated a total of 218,150 EST (Expressed Sequenced Tags) sequences of randomly chosen clones coming from 49 cDNA libraries made from C. arabica, C. canephora or C. racemosa. Those libraries where made of mRNA extracted from several distinct tissues, developmental stages and forms of biotic and abiotic stresses. Contamination and low quality sequences were removed and the 154.770 valid ESTs were grouped in 45.366 clusters (UniGenes), of which about 27% have unknown function. In order to locate candidate tissue-specific promoters, an in silico analysis was performed to identify genes preferentially expressed on roots, fruits, leaves and flowers. We’ve constructed groups of EST libraries, each coming from one tissue type, and have used the Fischer’s Exact Test to compare each one to a group formed by the remaining libraries (i.e., the libraries not included on that particular group) and identified 103 UniGenes with a high chance of being tissue-specific: 18 leaf-, 40 fuit-, 14 root- and 31 flower-specific. The expression level, specificity and uniqueness of the previously identified UniGenes were used to select 3 from each tissue to experimental validation. Real Time RT-PCR and Northern blot analysis will be employed to verify those 12 genes tissue-specificity. en
dc.description.sponsorship Embrapa - Café pt_BR
dc.language.iso pt_BR pt_BR
dc.subject Café ESTs Promotores pt_BR
dc.subject Coffee ESTs Promoters en
dc.subject.classification Genética, Melhoramento e Biotecnologia do Cafeeiro pt_BR
dc.title Identificação de ESTS tecido-específicas no banco de dados do genoma funcional de Coffea spp. pt_BR
dc.title [Identification of tissue-specific ESTS in the Coffea spp. functional genomic database] en
dc.title.alternative [Identification of tissue-specific ESTS in the Coffea spp. functional genomic database] en
dc.type Artigo pt_BR

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