SBICafé
Biblioteca do Café

Determinação do unigene do Projeto Genoma Café

Show simple item record

dc.contributor.author Sales, Raphael M. O. B. pt_BR
dc.contributor.author Andrade, Alan Carvalho pt_BR
dc.contributor.author Silva, Felipe R. da pt_BR
dc.contributor.other Embrapa - Café pt_BR
dc.date 2007-08-09 14:33:57.42 pt_BR
dc.date.accessioned 2015-01-14T13:45:44Z
dc.date.available 2015-01-14T13:45:44Z
dc.date.issued 2005 pt_BR
dc.identifier.citation Sales, Raphael M. O. B.; Andrade, Alan C.; Silva, Felipe R. da. Determinação do unigene do Projeto Genoma Café. In: Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil (4. : Londrina, PR : 2005). Anais. Brasília, D.F. : Embrapa - Café, 2005. (1 CD-ROM), 4p. pt_BR
dc.identifier.other 166733_Art059 pt_BR
dc.identifier.uri http://www.sbicafe.ufv.br/handle/123456789/1891
dc.description Trabalho apresentado no Simpósio de Pesquisa dos Cafés do Brasil (4. : 2005 : Londrina, PR). Anais. Brasília, D.F. : Embrapa Café, 2005. pt_BR
dc.description.abstract O Projeto Genoma Café gerou seqüências parciais de mais de duzentos mil clones de EST (Expressed Sequence Tag). Essa estratégia gera dados redundantes. Nesse trabalho, selecionamos o conjunto mínimo de clones que representam todos os transcritos encontrado no projeto. Para tanto, as 213.157 seqüências geradas pelo projeto, apos um processo criterioso que resultou em 145.507 seqüências limpas, foram agrupadas por similaridade dando origem a 32.958 possíveis transcritos, aqui chamados de Unigenes. Para cada Unigene, determinamos o clone correspondente à extremidade 5' o que, pela metodologia empregada na construção das bibliotecas, deve corresponder ao clone de maior extensão. Todos os resultados obtidos foram centralizados e organizados em uma base de dados relacional, de forma a facilitar sua utilização em posteriores aplicações de diferentes plataformas e linguagens. O SGDB usado foi o PostgreSQL. Desenvolvemos uma interface Web usando as linguagens PHP e Perl rodando sobre o Apache para permitir a usuários acesso aos dados de maneira simplificada e rápida. Escolhemos essas ferramentas por serem todas de código livre, permitindo personalizações, se necessárias, e por não agregarem nenhum vinculo de licença. pt_BR
dc.description.abstract The Coffee Genome Project has generated partial sequences in excess of two hundred thousand EST (Expressed Sequence Tag) clones. This approach generates redundant data. In this work, we have devised the minimal clone set that represents all transcripts found in the project. The 213,157 sequences generated by the project were submitted to an elaborated cleaning process that resulted in 145,507 trimmed sequences. Those trimmed sequences where grouped by similarity in 32,958 putative transcripts, here called Unigenes. For each Unigene, we have picked the clone in the 5’ edge, which should correspond to the one with the largest insert, due to the methodology used in library construction. All data was organized in a single relational database, allowing its use by future applications in diverse platforms and languages. The RDBMS in this work is PostgreSQL. An Web interface, using PHP and Perl over Apache was developed, allowing users fast and simple access to the data. We have chosen to work with open source tools because it allows us to make customizations, if necessary, and due to its free license and distribution policy. en
dc.description.sponsorship Embrapa - Café pt_BR
dc.language.iso pt_BR pt_BR
dc.subject Bioinformática EST Genômica Coffea Bancos de dados pt_BR
dc.subject Bionformatics EST Genomics Coffea Data bank en
dc.subject.classification Genética, Melhoramento e Biotecnologia do Cafeeiro pt_BR
dc.title Determinação do unigene do Projeto Genoma Café pt_BR
dc.type Artigo pt_BR

Files in this item

Files Size Format View
166733_Art059f.pdf 251.2Kb application/pdf View/Open ou Pre-visualizar

This item appears in the following Collection(s)

Show simple item record

Search DSpace


Sobre o SBICafé

Browse

My Account